Es el país más meridional de la región, es también uno de los más biodiversos. Por su cercanía a América del Sur, alberga varias especies sudamericanas como el poncho o capibara (el roedor más grande del mundo), el oso frontino u oso de anteojos. y la guacamaya azul y amarillo (Ara ararauna). Esta causa hace que Panamá posea una mayor biodiversidad que otros países de la región, como El Salvador o Belice, y un mayor número de especies en algunos géneros.

Es el primer país de la región en peces (1.497, las vecinas Costa Rica y Nicaragua albergan 1.254 y 1.176 especies respectivamente), en aves (957 especies) y en mamíferos (229 especies, incluyendo el mayor número de primates de la región) con notables endemismos como el mono aullador de Coiba (Alouatta coibensis), el agutí o ñeque de la isla de Coiba (Dasyprocta coibae) o el perezoso pigmeo de la isla Escudo de Veraguas (Bradypus pygmaeus). Posee 10.115 especies de plantas, de reptiles 229 especies y de anfibios 179 especies. Según el Índice de Actuación Medioambiental (EPI), Panamá es uno de los países que presentan un adecuado control de la contaminación ambiental.